Một trong những nhược điểm của phương pháp nghiên cứu bệnh chứng là:

Khó thực hiện lại

Khó theo dõi hàng lọat nhiều vấn đề đồng thời trên các đối tượng

Khó duy trì thống nhất trong suốt quá trình nghiên cứu cho nên dễ có biais

Tài liệu, hồ sơ cần thiết không hòan chỉnh

Dễ có sự biến động trong các đối tượng nghiên cứu: bỏ, từ chối, thêm vào.