Một trong những đặc điểm để phân biệt giữa hội chứng đau nhức vận mạch vùng sọ mặt và hội chứng đau thần kinh sọ mặt là:

Hội chứng đau nhức vận mạch vùng sọ mặt có kèm theo rối loạn vận mạch, còn hội chứng đau thần kinh sọ mặt không kèm theo rối loạn thần kinh thực vật

Hội chứng đau nhức vận mạch vùng sọ măt có điểm đau sâu, còn hội chứng đau thần kinh sọ mặt có điểm đau nông

Hội chứng đau nhức vận mạch vùng sọ mặt có tiên lượng tốt hơn hội chứng đau thần kinh sọ mặt

Hội chứng đau nhức vận mạch vùng sọ mặt, đau có tính chất từng cơn rõ rệt hơn hội chứng đau thần kinh sọ mặt