Một trở ngại của xây dựng đội ngũ trong phương pháp tổ chức theo ma trận là:

Tổ chức nhóm thường dựa trên kỹ thuật

Thành viên dự án thực chất là tài nguyên đi mượn và có thể bị tác động

Đội ngũ thường quá tập trung

Các nhóm thường quá lớn và vì thế rất khó quản lý