Một số nhược điểm trong công tác quản lý thông tin y tế nước ta hiện nay:

Thiếu sự thống nhất trong điều phối, số liệu thông tin quá nhiều nhưng không đầy đủ, chất lượng thông tin còn thấp, ít sử dụng thông tin y tế

Số liệu thông tin ít và không đầy đủ, chất lượng thông tin còn thấp, ít sử dụng thông tin y tế

Chưa có các biểu mẫu ghi chép thống nhất, số liệu thông tin quá nhiều nhưng không đầy đủ, chất lượng thông tin còn thấp, ít sử dụng thông tin y tế

Thiếu sự phối hợp hoạt động giữa các ban ngành, sử dụng thông tin không đúng mục đích

Thiếu hệ thống giám sát đánh giá trong việc thu thập số liệu, không có đủ phương tiện máy móc để xử lý thông tin