Kiểm toán hoạt động thường được tiến hành bởi kiểm toán viên nội bộ hay kiểm toán viên của nhà nước và đôi khi bởi kiểm toán viên độc lập. Mục đích chính của kiểm toán hoạt động là:

Cung cấp sự đảm bảo rằng hệ thống kiểm soát nội bộ hoạt động đúng như thiết kế

Nhằm giúp đỡ kiểm toán viên độc lập trong kiểm toán BCTC

Nhằm cung cấp kết quả kiểm tra nội bộ về các vấn đề kế toán và tài chính cho các nhà quản lý cấp cao của công ty

Cung cấp sự đánh giá về hoạt động của một tổ chức trong việc đáp ứng mục tiêu của tổ chức đó