Khó khăn chủ yếu về tự nhiên trong hoạt động của giao thông vận tải biển ở nước ta là

có nhiều vũng, vịnh nước sâu.

bờ biển dài, có nhiều đảo và quần đảo.

dọc bờ biển có nhiều cửa sông lớn.

có nhiều bão và áp thấp nhiệt đới.