Khó khăn chủ yếu trong việc triển khai mô hình GAP trên lúa hiện nay ở 1 số nơi là

Dự án đầu tư nguồn lực, nhân lực phải lớn

Khó khăn trong tổ chức xây dựng và vận hành hệ thống quản lý kiểm soát theo qui định

Khó khăn trong việc liên kết 4 nhà, nên sản phẩm chưa có đầu ra thuận lợi

Nhân sự điều hành hệ thống cần có trình độ nhất định