Khó khăn chủ yếu của Đông Nam Bộ đối với phát triển kinh tế là

tài nguyên sinh vật hạn chế và suy thoái.

chỉ có hai tỉnh và thành phố giáp biển.

đất đai kém màu mỡ, thời tiết thất thường.

ít khoáng sản, rừng và ô nhiễm môi trường.