Khi tiến hành kiểm toán môi trường, kiểm toán viên có thể tiến hành kiểm toán…

theo các nhân tố cấu thành nên ô nhiễm môi trường hoặc cũng có thể tiến hành kiểm toán theo các chuyên đề.

theo các nhân tố cấu thành nên ô nhiễm môi trường.

theo các chuyên đề như kiểm toán năng lượng, kiểm toán các chất thải.

theo chương trình hành động bảo vệ môi trường của quốc gia.