Hoán vị gen thường có tần số nhỏ hơn 50% vì:

các gen trong tế bào phần lớn di truyền độc lập hoặc liên kết gen hoàn toàn

các gen trên 1 nhiễm sắc thể có xu hướng chủ yếu là liên kết

chỉ có các gen ở gần nhau hoặc ở xa tâm động mới xảy ra hoán vị gen

hoán vị gen xảy ra còn phụ thuộc vào giới, loài và điều kiện môi trường sống