Hệ thống tổ chức của Hải quan Việt Nam gồm:

Tổng cục hải quan và các Cục hải quan địa phương

Tổng cục hải quan, các Cục hải quan địa phương, các Chi cục hải quan

Tổng cục hải quan; Cục hải quan tỉnh, liên tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương; Chi cục hải quan, Đội kiểm soát hải quan và đơn vị tương đương