Hạn chế chủ yếu của tự nhiên Đồng bằng sông Cửu Long là

Địa hình thấp, lũ kéo dài, nhiều vùng đất rộng lớn bị ngập sâu.

Một vài loại đất thiếu dinh dưỡng hoặc quá chặt, khó thoát nước.

Phần lớn diện tích là đất phèn, đất mặn, có mùa khô sâu sắc.

Sông ngòi, kênh rạch chằng chịt khó khăn cho việc cơ giới hóa.