Dựa vào sự thay đổi nucleotide của gen, người ta chia đột biến gen thành:

Đột biến mất đoạn, đảo đoạn, chuyển đoạn và lặp đoạn

Đột biến dịch khung đọc và đột biến nguyên khung đọc

Đột biến lệch bội, đột biến đa bội

Đột biến mất cặp, thêm cặp và thay thế cặp