Dựa vào cấu trúc và thành phần hóa học của thành tế bào, vi khuẩn được chia thành các nhóm là

vi khuẩn nhân sơ và vi khuẩn nhân thực.

vi khuẩn đơn bào và vi khuẩn đa bào.

vi khuẩn có lợi và vi khuẩn có hại.

vi khuẩn Gram âm và vi khuẩn Gram dương.