Dựa vào cấu tạo của thành tế bào, vi khuẩn được chia làm 2 nhóm là

vi khuẩn kị khí và vi khuẩn hiếu khí.

vi khuẩn sống kí sinh và vi khuẩn sống tự do.

vi khuẩn đơn bào và vi khuẩn đa bào.

vi khuẩn Gram dương và vi khuẩn Gram âm.