Điểm khác nhau về chức năng giữa gene cấu trúc và gene điều hòa là

Gene cấu trúc mã hóa RNA; gene điều hòa chỉ mã hóa các phân tử protein chức năng.

Gene cấu trúc mã hóa lipid; gene điều hòa mã hóa các phân tử nucleic acid trong nhân.

Gene cấu trúc kiểm soát quá trình sao chép; gene điều hòa mã hóa các phân tử protein.

Gene cấu trúc mã hóa protein tham gia cấu trúc; gene điều hòa mã hoá protein kiểm soát hoạt động của gene khác.