Điểm khác nhau chính giữa bệnh tự miễn cơ quan và bệnh tự miễn hệ thống:

Nồng độ kháng nguyên

Mô tổn thương khác nhau

Bị ung thư ở các cơ quan khác nhau

Ở cả các điểm A,B,C