Có thể xử lý chất thải nuôi thuỷ sản bằng cách

xả trực tiếp ra môi trường.

thu gom cơ học.

dùng các chế phẩm vi sinh, enzyme để hỗ trợ chuyển hoá hoặc thu gom cơ học.

dùng chlorine để trử trùng.