Cơ sở khoa học của việc sử dụng vi sinh vật trong xử lí ô nhiễm môi trường là

vi sinh vật có khả năng vận chuyển chất thải, chất độc hại và kim loại nặng xuống tầng sâu của địa chất.

vi sinh vật có khả năng sinh nhiệt để đốt cháy tất cả các chất thải, chất độc hại và kim loại nặng.

vi sinh vật có khả năng tạo ra màng sinh học ngăn chặn chất thải, chất độc hại và kim loại nặng gây hại cho môi trường.

vi sinh vật có khả năng hấp thụ và phân giải chất thải, chất độc hại và kim loại nặng.