Cơ chế tách các chất trong sắc ký ái lực là sự tách các chất tan dựa trên

Tương tác đặc hiệu giữa một loại phân tử chất tan với pha tĩnh

Kích thước hạt mang pha tĩnh

Nó giữ lại các chất có kích thước phân tử lớn trên pha tĩnh

Khả năng thẩm thấu của phân tử