Chuyển hóa năng lượng của vi khuẩn có các dạng:

Hô hấp kỵ khí: gặp ở vi khuẩn có cytocrom oxidase.

Hô hấp hiếu – kỵ khí tùy ngộ: chất nhận điện tử cuối cùng là ion.

Hô hấp hiếu khí: chất nhận điện tử cuối cùng là một chất hữu cơ.

Lên men: chất nhận điện tử cuối cùng là một chất vô cơ.