Căn cứ vào nguyên nhân gây đột biến người ta phân loại đột biến là:

Đột biến NST hay đột biến gen

Đột biến giao tử hay hợp tử hay tế bào xoma

Đột biến tự nhiên hay đột biến cảm ứng

Đột biến bền vững hay không bền vững