Căn cứ vào mục đích, có thể chia thuế hải quan thành các loại sau:

Thuế để tạo nguồn thu, thuế để bảo hộ, thuế để trừng phạt

Thuế tự quản, thuế theo các cam kết quốc tế

Thuế tuyệt đối, thuế theo tỷ lệ, thuế hỗn hợp, thuế theo lượng thay thế