Căn cứ vào cách thức thu nộp phí, lệ phí được chia làm:

Phí, lệ phí trung ương và phí, lệ phí địa phương

Phí, lệ phí của Nhà nước và phí của tư nhân

Phí, lệ phí nộp 100% cho ngân sách nhà nước và phí, lệ phí để lại một phần cho tổ chức, cá nhân quản lý thu

Phí, lệ phí được chia làm hai loại, phí, lệ phí có tính chất thuế và phí, lệ phí có tính chất bù đắp chi phí