Bộ phận thống kê y tế ở các sở y tế có chức năng nhiệm vụ sau:

Tổ chức xây dựng màng lưới thống kê-tin học, truyền tin ngành y tế từ trung ương đến địa phương.

Là cơ quan duy nhất có quyền ban hành và quản lý sổ sách, biểu mẫu báo cáo thống kê của ngành y tế, thống nhất và chuẩn hóa biểu mẫu thống kê, sổ sách ghi chép ban đầu và phần mềm tin học chuyên dụng.

Dự báo xu thế phát triển các mặt hoạt động chuyên môn y tế và xu thế bệnh tật, tử vong phục vụ cho định hướng phát triển trước mắt và lâu dài của đất nước.

Tổ chức đào tạo bổ túc chuyên môn nghiệp vụ và quản lý hệ thống thống kê tin học cho tất cả các tuyến.

Tổ chức xây dựng màng lưới thống kê - tin học trong tỉnh, thành phố, cung cấp thông tin y tế trong địa phương, từng bước hiện đại hóa tiến tới thí điểm xử lý điều hành thông tin y tế trên mạng.