Bên cạnh Đại hội đồng còn có hai cơ quan quan trọng khác do Đại hội đồng cử ra để điều chỉnh và duy trì luật chơi công bằng trong hệ thống WTO, đó là:

Cơ quan xét xử và cơ quan phúc thẩm

Cơ quan xét xử và cơ quan rà soát chính sách thương mại

Cơ quan giải quyết tranh chấp và Cơ quan rà soát chính sách thương mại

Cơ quan phúc thẩm và cơ quan rà soát chính sách thương mại