Anh A thành lập công ty trách nhiệm hữu hạn

Anh A thành lập công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên với số vốn 5 tỷ đồng kinh doanh vật liệu xây dựng. Trong quá trình hoạt động, anh A đã ký kết và thực hiện hợp đồng cung ứng vật tư, vật liệu với nhiều đối tác. Công ty của anh A đã bị cơ quan thuế phát hiện không xuất hóa đơn bán hàng cho nhiều công trình nhằm trốn thuế. Trong trường hợp này, công ty của anh A đã vi phạm nghĩa vụ nào dưới đây về nộp thuế?